四围的水流在大云庵前集合为十亩见方的放生池，池中建有石塔两座，分别供奉四大部经目与宝昙和尚的舍利。洪武年间(1368-1398)生动于姑苏的高僧宝昙，是明初重修大云庵的要害人物。不过，他更重要的贡献是重建了大云庵西边的南禅集云禅寺。

　　苏城的南禅寺，前史可一向追溯到唐开成年间(836-840)。当年，寺内不只需千佛堂和转轮经藏，还藏有白居易寄赠的一套《白氏长庆集》。后来，南禅寺湮灭，致使明初人都不知其地址。洪武二十四年(1391)，宝昙和尚特向朝廷奏请将郡学之东的集云寺、大云庵以及妙隐庵吞并复建新南禅寺，遂获赞同并蒙皇帝赐名为南禅集云寺。作为南禅寺别院，大云庵究竟成为宝昙和尚舍利的供奉之所。

　　成化十二年十月十三日(1476年10月13日)，一场大火将南禅寺化为灰烬。时任主僧德本饱经十年寒暑，广求施积，方于成化二十二年五月十一日(1486年6月12日)完毕了大雄宝殿的重建，再迎香火。德本恢复的南禅寺，虽规制不比早年，但他着意打造寺院的新功能——新建方丈室作为与文人雅士交游燕集的场所。这一点颇受吴宽的赞颂，他以为此举接续起了南禅寺从创建之初便有文人活动的传统。在德本托请其所撰的《南禅集云寺重建大雄宝殿记》中，吴宽不只说到了唐代的千佛堂经藏，也说到了白乐天寄赠文集的美谈。除此以外，吴宽还特别谈到了另一个人——北宋的苏舜钦。