现存石涛最早的作品是他作于武昌的《人物山水花卉册》，时仅16岁。石涛一生的绘画，根据他的生活历程、思想变化和艺术探求，可分为启蒙期、奠基期、蜕变期和高峰期。16岁（1657年）以前可以说是他绘画的启蒙时期，39岁至50岁（1680—1691年）是石涛绘画的蜕变期。随着岁月的流逝，故交零落而新朋增多，其中不乏官僚权贵，石涛的思想日渐起了变化，遗民意识渐渐淡薄。他先后在南京和扬州迎接康熙皇帝，感到无比荣幸；画《海晏河清图》颂赞新王朝；应辅国将军博尔都之邀赴北京，游历于王侯贵胄之门等等，都有违他的初衷。一方面石涛对康熙皇帝有知遇之恩，另一方面他又背着沉重的明朝皇族出身的包袱，社会对他的期望也是两股截然不同的舆论压力，因此他的思想陷入了极端的矛盾，时时借诗画创作宣泄出来。这一时期，也是他艺术思想最活跃的时期。

    石涛对绘画的思考是从不满画坛现状开始的。清康熙二十二年（1683）他在题赠常涵千的画中说道：“唐画，神品也；宋、元之画，逸品也。神品者多，逸品者少。后世学者千般，各投所识。古人从神品悟得逸品，今人从逸品中转出时品，意求过人而无过人处。”这段题跋很有见识，特别是“悟”和“转”两字用得非常贴切。他所批评的“时品”是指泛滥于明末清初、一味追求元人逸笔而徒有形式的作品，其中是否也包括风靡画坛的“四王”作品尚待研究。但他的针对性确实与董其昌等人提倡的“南宗”绘画有密切关系，而“四王”往往被人们奉为“南宗”衣钵继承人，且炙手可热。

    的确，石涛的绘画得益于他常年累月广游名山大川，特别是他多次游黄山和画黄山，使他体会到“黄山是我师，我是黄山友”。他说：“足迹不经十万里，眼中难尽世间奇。笔锋到处无回头，天地为师老更痴。”《搜尽奇峰打草稿图》卷是这一时期石涛绘画总结性的作品。笔墨的老到精练，峰峦结构的气势磅礴，说明他的创作进入到一个新的高峰。其令人感奋处，正如卷后听帆楼主潘季彤所说：“此画一开卷，如宝剑出匣，令观者为之心惊魄动，真奇也。寓奇思于奇笔，即以奇笔绘奇峰，石涛子洵无愧为一代奇人已。”

    从51岁至66岁逝世（1692—1707年）是石涛绘画创作的高峰期。初到扬州时，石涛的心境很不平静，北游的失意又使他忆及许多往事，师兄喝涛去世使他失去了一个依靠，家庭的包袱又需要他还俗，因此他拼命作画，借作画以宣泄胸中块垒，创作数量激增。其后，由于技巧熟练，经济方面亦已无忧，石涛晚年的绘画创作进入了随心所欲的自由境界。其作画，无一法，无非法，笔随心运，意到笔随，出神入化。石涛的山水画，粗犷处，浓墨大点，纵横恣肄，下笔如急电惊雷；细微处，勾皴点染，笔无虚下，结构谨严。他敢于突破前人成法，例如用赭代墨皴擦山石，用石青作米点，用藤黄、胭脂相间作杂点描绘灼灼桃花，都是前人未曾使用过的方法，使色彩在山水画中占有一席重要地位。他所造的景和境，构图巧妙新奇，重峦叠障处非人迹所能到达；垂柳蒹葭，又为寻常所见。他从寻常景物中发掘出的新颖构图，往往在人意想之外。所以石涛的山水画淋漓畅快处动人心魄，细腻抒情处感人至深。山水之外，石涛擅长人物、花卉、兰竹。《梅竹图》轴和《高呼与可图》卷是他花卉墨竹画的代表杰作。石涛并不以墨竹专长，但他的墨竹姿态多变，笔法灵活，墨色苍润，生趣盎然。郑燮赞曰：“石涛画竹，好野战，略无纪律，而纪律自在其中。”